RESUMO

A pandemia de SARS-CoV-2 se disseminou rapidamente e esse cenário é preocupante em todo o mundo, apresentando mais de 590 milhões de casos de doença por coronavírus em 2019 e 6,4 milhões de mortes. O surgimento de novas linhagens carregando várias mutações na proteína spike levantou preocupações adicionais de saúde pública em todo o mundo durante a pandemia. O presente estudo revisa e resume a propagação temporal e a evolução molecular dos clados e variantes do SARS-CoV-2 em todo o mundo. A avaliação desses dados é importante para o entendimento das histórias evolutivas das linhagens de SARS-CoV-2, permitindo identificar as origens de cada linhagem desse vírus responsável por uma das maiores pandemias da história. Um total de 2.897 sequências completas do genoma do SARS-CoV-2 com informações disponíveis do país e data de amostragem (dezembro de 2019 a agosto de 2022) foram obtidas e avaliadas pela abordagem bayesiana. Os resultados demonstraram que o SARS-CoV-2 tem um ancestral comum (tMRCA, do inglês Time since the Most Recent Common Ancestor) na Ásia foi 26-12-2019 (Highest posterior density 95% [HPD95%]: 18-12-2019; 29-12-2019), na Oceania 24-01-2020 (HPD95%: 15-01-2020; 30-01-2020), na África 27-02-2020 (HPD95%: 21-02-2020;04-03-2020) , na Europa 27-02-2020 (HPD95%: 20-02-2020; 06-03-2020), na América do Norte 12-03-2020 (HPD95%: 05-03-2020; 18-03-2020), e na América do Sul 15-03-2020 (HPD95%: 09-03-2020; 28-03-2020). Entre dezembro de 2019 e junho de 2020, foram detectados 11 clados (20I [Alpha] e 19A, 19B, 20B, 20C, 20A, 20D, 20E [EU1], 20F, 20H [Beta]). De julho a dezembro de 2020, foram identificados 4 clados (20J [Gamma, V3], 21 C [Épsilon], 21D [Eta] e 21G [Lambda]). Entre janeiro e junho de 2021, foram detectados 3 clados da variante Delta (21A, 21I e 21J). Entre julho e dezembro de 2021, foram detectadas duas variantes, Delta (21A, 21I e 21J) e Omicron (21K, 21L, 22B e 22C). Entre janeiro e junho de 2022, foram detectadas as variantes Delta (21I e 21J) e Omicron (21K, 21L e 22A). Finalmente, entre julho e agosto de 2022, foram detectados 3 clados de Omicron (22B, 22C e 22D). O clado 19A foi detectado pela primeira vez na pandemia de SARS-CoV-2 (estirpe Wuhan) com origem em 16-12-2019 (HPD95%: 15-12-2019; 25-12-2019); 20I (Alpha) em 24-11-2020 (HPD95%: 15-11-2020; 02-12-2021); 20H (Beta) em 25-11-2020 (HPD95%: 13-11-2020; 29-11-2020); 20J (Gamma) foi 21-12-2020 (HPD95%: 05-11-2020; 15-01-2021); 21A (Delta) em 20-09-2020 (HPD95%: 17-05-2020; 03-02-2021); 21J (Delta) em 26-02-2021 (02-1-2020; 24-04-2021); 21M (Omicron) em 25-01-2021 (HPD95%: 16-09-2020; 08-08-2021); 21K (Omicron) em 30-07-2021 (HPD95%: 30-05-2021; 19-10-2021); 21L (Omicron) em 03-10-2021(HPD95%: 16-04-2021; 23-12-2021); 22B (Omicron) em 25/01/2022 (HPD95%: 10/01/2022; 05/02/2022); 21L em 2021-12-20 (HPD95%: 16-05-2021; 31-12-2021). Atualmente, a variante Omicron predomina em todo o mundo, com o clado 21L se ramificando em três (22A, 22B e 22C). Dados filogeográficos mostraram que a variante Alpha teve origem no Reino Unido, Beta na África do Sul, Gamma no Brasil, Delta na Índia, Omicron na África do Sul, Mu na Colômbia, Épsilon nos Estados Unidos da América e Lambda no Peru. A pandemia de COVID-19 teve um impacto significativo na saúde global em todo o mundo e o presente estudo fornece uma visão geral da evolução molecular dos clados das linhagens SARS-CoV-2 (da cepa Wuhan às linhagens atualmente circulantes do Omicron).

Palavras-chave: Método Bayesiano; COVID-19; SARS-CoV-2; evolução molecular.

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