Inspirado no modelo americano de Educação Médica, o Programa de Residência Médica do Hospital Moinhos de Vento é credenciado junto à Comissão Nacional de Residência Médica desde 2003 e, atualmente, conta com 21 especialidades em seu portfólio.
O ingresso nos Programas de Residência Médica do Hospital Moinhos de Vento se dá por meio de processo seletivo composto por duas etapas:
Primeira etapa – Prova objetiva: de caráter eliminatório e classificatório, por meio de prova escrita objetiva, sob a coordenação técnico-administrativa da FundMed. A prova corresponde a noventa por cento (90 pontos) do resultado final do processo seletivo.
Segunda etapa – Análise do currículo: de caráter eliminatório e classificatório, corresponde a dez por cento (10 pontos) do resultado final do processo seletivo.