Na década de 90, o hospital adotou modelos de gestão com base nos conceitos da qualidade total, obtendo por mais de uma vez o reconhecimento do Programa Gaúcho de Qualidade e Produtividade (PGQP). Em 1999, o Hospital Moinhos de Vento adquiriu o controle acionário da HospitaLar Home Care, empresa de assistência domiciliar.
Criação de nove Comitês de Especialidades, devido à qualidade técnica e ao aumento no número de médicos credenciados ao logo dos anos 90.
Transmissão ao vivo do serviço de Angiografia para o Simpósio Internacional do Instituto Miami Heart.
Aquisição do Hospital São Rafael, em Novo Hamburgo, com o objetivo de incrementar a atuação numa região de identidade cultural teuto-brasileira, similar à do hospital, e compra-se a Hospitalar Home Care para dar atendimento a domicílio aos pacientes.
Troféu Prata (PGQP).